人類祖先的故事一直只是寫在骨骼化石中，不過自上個世紀60年代DNA檢測介入其中，我們就了解的更加深入了，比如說一些研究結果表明，所有現代人類都源自10多萬年前生活在非洲人，但其中人類進化的一些關鍵事件與考古學相悖。
DNA時鐘的概念很簡單：兩個物種之間DNA字母數字的差異代表著，他們zui后的共同祖先還活著的時間已經過去了多少。但是要確保這種估計是正確的，遺傳學家還需要一個重要的信息：DNA突變的步伐。
之前遺傳學家們是通過比較人類和其它靈長目動物的基因組序列來估計突變率。基于化石樣品收集物種分歧的時間，遺傳學家得出結論，認為在人類的DNA中每10億年出現一次堿基的突變，“這是一個令人質疑的數字，”德國馬普朗克進化人類學研究所的分子人類學家Linda Vigilant說，這個懷疑之后被證明是合理的。
在過去幾年間，遺傳學家們已經可以通過全基因組測序，分析幾十個家庭，比對父母和孩子的突變，從而在實際上觀察到分子時鐘，這些研究表明，時鐘的滴答速度也許以前估計速度要慢一半，Scally說。
9月11日，Scally和他的同事Richard Durbin利用這個更慢一些的速率，來重新評估人類進化過程中關鍵分支的時間，“如果突變速率減半，那么所有的估計時間都要加倍，”Scally說，“這可能是一個根本性的變化。”但是更新后的時間能與考古發現更好的匹配。
這個被撥慢了的分子時鐘也許也令科學家們重新思考時期中的轉折點，比如現代人類走出非洲的遷移時間。
世界各地的人類遺傳研究表明，歐洲人和亞洲人的祖先在大約6萬年前離開非洲，這個數據導致許多人得出這樣的結論：在以色列發現的十萬年前的人類化石，代表了一種走投無路的遷移，而不是出埃及記的開始，Scally說。 Scally的計算估計把“走出非洲”的時間推遲到接近12萬年前，這表明以色列的化石研究代表的是人類遷移到亞洲和歐洲。
這一的遺傳時間也符合其它一些考古數據，不過雖然這一分子時鐘與人類進化更匹配，但是當推算到更久遠的時間的時候，就會出現奇怪的結論，牛津大學哈佛醫學院的進化遺傳學家David Reich說，“你不能兩者兼得。”
不過總體來說，有一些具體證據支持這個觀點，Reich說。他贊同這一分子時鐘應該比之前認為的要慢，當然他也表示，關鍵問題是多慢。“我認為關于人類基因突變率的真值還是一個懸而未決的問題。”
現在，考古學家和遺傳學家又開始重新解析這些事件，由于DNA突變率——基于遺傳配對的分子時鐘——的估計有所改善，“這些驚人的發現，終于能令遺傳學和考古學之間達成部分一致，”英國伯明翰大學考古學家Jeff Rose說。從而考古學家和遺傳學家能對相互的數據更充滿信心，分析各種細微的問題。“他們之間也能相互贊同，”Sanger研究院進化遺傳學家Aylwyn Scally說“這就是一個真實的故事。”
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