ENCODE項目（ENCyclopedia Of DNA Elements）研究組上百位研究人員近期公布了百科全書項目的成果——人類基因組中被稱為“垃圾DNA”實際上是一個龐大的控制面板，能調控數(shù)以百萬計基因的活性。如果沒有這些開關調控，基因將不能正常工作，而這些區(qū)域也許會導致人類換上疾病。由ENCODE公布的這一新數(shù)據(jù)信息非常全面，也很復雜，因此是以一種新型出版模式公布，這一模式中電子文檔和數(shù)據(jù)集是相互關聯(lián)的。
正如同人類基因組計劃帶給生物醫(yī)學研究領域的革新意義，ENCODE項目也將推動生物醫(yī)學的前進，開辟研究新道路。這一計劃是于2003年啟動，主要目的是建立人類基因組中生物功能關鍵性元素目錄。
這項由美國國家基因組研究院NHGRI，以及歐洲生物信息學研究所EMBL-EBI的科學家們領導的研究，公布了一份詳細的基因組功能圖譜，其中包含有四百萬基因的“開關”，這一重要的參考數(shù)據(jù)將有助于研究人員找到與人類疾病密切相關的區(qū)域。
目前這一相關研究成果將在Nature, Genome Biology和Genome Research雜志上，共計30篇開放性論文進行公布。
“我們的基因組就是簡單地通過無數(shù)的開關進行調控，這些上百萬的區(qū)域能決定基因是開還是關，”ENCODE項目分析員Ewan Birney 說，“人類基因組計劃HGP表明，基因組中只有2%包含有基因，也就是說能編碼蛋白。從ENCODE項目中，我們可以看到，基因組中剩余的這約80%的區(qū)域其實并沒有閑著，我們發(fā)現(xiàn)基因組這個更大的部分——實際上是一個驚人的數(shù)量——調控了蛋白何時和何地生成，而不是簡單的其中產(chǎn)生，比簡單地作為構建框架”。
“任何疾病的相關研究人員都可以利用ENCODE數(shù)據(jù)，分析他們可能會感興趣的相關病理，”重要的分析協(xié)調員Ian Dunham 說，“許多情況下，你可能已經(jīng)想到了哪些基因參與了你正在研究的疾病，但卻不知道其中涉及的開關。有時這些開關令人驚訝，因為它們的位置說明它們更有可能與一個*不同的疾病相關。 ENCODE為我們提供了一組非常有價值的線索，讓我們能沿著這些線索，發(fā)現(xiàn)與健康和疾病有關的關鍵機制，這些將能被用來創(chuàng)建全新的藥物，或重新利用現(xiàn)有的治療方法。“
“ENCODE告訴我們，我們需要把眼光放得更遠一些，而不是局限于基因組整個網(wǎng)絡如何連接的線性結構，”斯坦福大學教授，ENCODE科學家Michael Snyder評論道，“我們正開始了解全基因組關聯(lián)研究中所獲取的信息，不僅僅是某個基因定位在哪兒，還有哪些能調控它們。
因為我們的基因組即復雜的，又是三維立體的，這些調控元件有時遠離被調節(jié)基因，而是通過環(huán)繞得以接觸到。如果沒有ENCODE，我們可能永遠也不會看著這些區(qū)域，這項研究朝著深入了解人類運轉邁進了一大步。ENCODE可以幫助我們更深入探討監(jiān)控環(huán)路，這些環(huán)路能指揮所有的零件組裝成一個復雜的個體。”
近年來，生物醫(yī)學研究中獲取并存儲大量的數(shù)據(jù)成為了一項挑戰(zhàn)。現(xiàn)在，隨著基因組測序成本的下降和測序能力的提高，重點已轉移到分析上來——讓這些全基因組關聯(lián)研究產(chǎn)生的數(shù)據(jù)變得有意義。 ENCODE 合作伙伴已經(jīng)著手于利用各實驗室中相同的計算，網(wǎng)絡實驗室方法，以及試劑進行人類基因組系統(tǒng)分析。
9月6日發(fā)表的文章有上百頁的內(nèi)容，但Nature數(shù)字自然出版集團認識到這是過去的形式，目前所有的在三個雜志上發(fā)表的ENCODE內(nèi)容都是數(shù)字化連接的，從而讀者可以按照自己的興趣，追溯到原始數(shù)據(jù)。
“將具有專業(yè)知識的專家們聚集在一起，這就是這項研究”，Ewan Birney說，“ENCODE項目表明，ling命科學家能通過密切合作，進行大規(guī)模研究，為整個社會創(chuàng)造出基礎性資源。”
“到目前為止，發(fā)表的數(shù)據(jù)都是各自方面，靜態(tài)刊物的成果，非同一研究團隊的人不知道它的存在，如何利用這些知識呢？”西班牙科學家Roderic Guigo說，“現(xiàn)在我們有一個互動的百科全書，大家都可以參考，這與之前極大不同。”
從該項目的規(guī)模意義上來說——ENCODE聯(lián)合了來自英國，美國，西班牙，新加坡和日本的32個實驗室中442名科學家的努力，他們獲得并分析了超過15兆兆字節(jié)（15萬億字節(jié)）的原始數(shù)據(jù)，目前已經(jīng)全部公布，并可公開獲得。研究花費了約300年的計算機時間，對147個組織類型進行了分析，以確定哪些能打開和關閉特定的基因，以及不同類型細胞之間的“開關”存在什么差異。
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